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Las aplicaciones normales siguen teniendo las mismos permiso con o sin root. La unica diferencia son las apps que estan pensadas para usar los permisos que confiere el root y esos permisos los aceptas o deniegas con el superuser, que es la aplicacion con la que gestionas esas aplicaciones. A partir de aqui es lo mismo que sin root, es decir sentido comun. Una aplicacion normal para hacer algo tan simple como una foto (Camara) no tiene por que pedirte permiso para hacer llamadas o enviar SMS, si lo aceptas tienes que atenerte a las consecuencias. Y una aplicacion root como por ejemplo SetCpu te puede controlar la velocidad del procesador o incluso overclockearlo, pero tampoco debería pedirte permiso para hacer llamadas o enviar SMS por que estamos en las mismas (con o sin root). Eso si podrias hacer subir el procesador hasta velocidades peligrosas para la fiabilidad del terminal (Aqui esta otra vez el sentido comun)
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