Asegurate que la aplicación queda en segundo plano cuando la "cierras" (Ajustes->Aplicaciones>Servicios en ejecución.
Tengo un amigo que el muy burrete cerraba el whatsapp "matando" la aplicación con el gestor de memoria y claro al cerrarlo se quitaba el servicio latente por tanto solo recibía al volver a abrirlo.
En resumen, el watsapp en realidad no se cierra se sale de él dándole a la flecha de retorno del movil.
Prueba a ver si es lo que escribo, si es algo diferente miraremos a ver si encontramos solución
Feliz año 2012!