Prueba lo siguiente:
Abre Google fotos.
Pulsa arriba a la derecha sobre el icono de tu cuenta.
Busca la opcion ajustes de fotos.
Aplicaciones y dispositivos
Acceso a la tarjeta SD
Comprueba que no tenga permisos para borrar fotos automáticamente al hacer copia de seguridad ( si te salen una serie de pasos a seguir para darle permiso,es que no lo tiene)