Este es un tema interesante, sobre el que he leído bastante, pero no tengo una conclusión clara. En principio sí, la calidad y/o tipología del panel afecta a la fatiga visual.
Creo que hay dos aspectos relevantes: luz azul y atenuación PWM. Uso filtros de luz azul en todas las pantallas que tengo, además de tener programados modos de luz nocturna a partir de cierta hora y huir del brillo muy elevado. La cosa se complica al elegir IPS, AMOLED u OLED, opciones principales en smartphone.
La teoría dice que hay menor fatiga visual con paneles IPS que no usan PWM, o lo usan a frecuencias muy altas, para regular el brillo. Algunas marcas, especialmente las chinas, están apostando por OLED con PWM de muy alta frecuencia, y/o incluyen un modo DC Dimming, que suele afectar al color.
Regular el brillo mediante PWM significa, para entendernos y sin entrar en muchos tecnicismos, encender y apagar la pantalla muy rápido. Algunas personas son más sensibles que otras a esto, y les provocas mareos y nauseas tras un rato. Es fácil detectarlo enfocando a la pantalla de nuestro smartphone con la cámara de otro móvil; si hace falta, jugando con la velocidad de obturación ('S' en el modo profesional de la cámara).
Algunos fabricantes, como Samsung, aunque hacen pantallas con PWM elevados para otros fabricantes, continúan (no sé si por ahorrar costes y/o batería) usando PWM de baja frecuencia en sus terminales.
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La tasa de refresco puede tener algo que ver, pero es relevante en monitores más grandes, al hacer scroll o en juegos, y según la calidad del panel. Que sea muy elevada puede traer otro tipo de problemas, como ghosting o inversión artifacts. Me pasa que siento más fluida la pantalla del Mate 40 Pro (90 Hz) que la del Xiaomi Mi 10T Pro (144 Hz).
Toda la chapa anterior para decirte, finalmente, que creo que es una mezcla de factores y que depende mucho de cada persona. Compré el Mi 10T Pro y la Samsung Galaxy Tab S7 casi a la vez buscando paneles IPS de muy elevado PWM; con la Tablet de Samsung encantado y mucha menos fatiga que con la S3 (sAMOLED) que tenía (con un "jelly effect" horrible al hacer scrolling), pero el Xiaomi me enrojecía los ojos. Ahora uso como smartphone habitual el Huawei Mate 40 Pro (OLED 90 Hz) y es el que menos problemas de vista/mareos me ha provocado hasta el momento.
P.D. Mis disculpas por el abuso de anglicismos, pero es la forma más común de encontrar algunos términos en el ámbito tecnológico y facilito así si alguien quiere buscar y encontrar mayor volumen de información en Google que si los castellanizase.