Si, para restaurar las aplicaciones vas a procesos en lotes en la parte de restauración y ahi veras las aplicaciones que tienen backup, lo recomendable es restaurar las aplicaciones y luego los datos del sistema ...
Se llaman datos del sistema, se pueden copiar junto a las aplicaciones o por separado ...
Más info la puedes encontrar googleando o en el wiki de titanium, te dejo este enlace
http://www.elandroidelibre.com/2011/...um-backup.html