No, esto lo tienes que hacer cuando vas a instalar la ROM...
Las nikgapps lo que hacen es reemplazar las aplicaciones AOSP por las de Google...
Si borras de las nikgapps el dialer de Google pues lo que hace es que no reemplace el dialer de crdroid por el de Google...
Vamos que lo que tienes que hacer es abrir las nikgapps con WinRAR y en la carpeta appset borrar el dialer de Google...
Y ya cuando vayas a instalar la ROM no se te instalará el dialer de Google y tendrás el de crdroid
