lo que te dijo de crear una particion es para "aumentar" el tamaņo de la memoria interna, porque la que trae la hd2 se te quedaria chica, entonces se agranda haciendo una particion, y con rescpecto a que si la quitas te sigue funcionando, sera porque no tendras nada vital instalado en esa particion, pero si le instalas alguna aplicacion u otra cosa en la memoria de la tarjeta, logicamente no te funcionara si luego quitas la tarjeta, supongo que te habra querido decir eso.
s2