Vale, siento la tardanza, es que estaba en el curro y no tenía posibilidad de trastear demasiado. Ya he visto los archivos problemáticos y lo que ocurre es que no sé porqué motivo están marcados como archivos de sistema, por lo tanto para verlos en windows hay que activar la opción de ver archivos de sistema.
Otra forma de hacerlo es como bien dice antz_77, o bien pasar la carpeta en cuestión (con CFC o sin CFC) del pc a la diamond y desde ella, como ya se pueden ver, copiarlos al directorio windows como siempre.
He intentado quitar ese atributo pero no me deja de ninguna manera, pero tampoco le afecta en nada, los probé y siguen funcionando bien.
Venga, gracias