Buenos días,
Doy mi opinión al respecto. Vaya por delante que si el tema de la factura es solo para garantía y/o SAT, es perfectamente válida la que se ha emitido.
Otra cosa diferente es si se quiere luego presentar a Hacienda, ya que ésta no la considera correcta salvo dos excepciones:
1. Descuento del 100%, cosa poquísimo habitual y que hay que justificar correctamente.
2. Devolución de mercancías. Se da cuando un cliente devuelve una mercancía a su proveedor, el importe de esta se hace efectivo en la siguiente factura que se emita con el mismo importe que la anterior.
Espero haber aclarado algo. Deseo que se solucione todo pronto de buen acuerdo.