Primero deberíamos saber para que sistema operativo quieres cocinar: WinMo, Android, ...; y por supuesto modelo.
Para WinMo tienes un manual aquí:
http://www.htcmania.com/showthread.php?t=108106
Para Android: echale un vistazo primero a este hilo (cocina):
http://forum.xda-developers.com/showthread.php?t=633246
Creo que te resolverá bastantes dudas y puedes empezar cocinando algo muy básico partiendo de la propia ROM oficial (stock ROM).
Todo lo demás sobre la marcha. Que yo sepa NO hay ningún manual 'completo' sobre cocina para Android, solo pedazos del mismo. Hay que ir buscando y recopilando la información.