Eso no es por instalar apps, eso es porque el kernel utiliza el siguiente archivo /sdcard/Android/data/g3mod/fs.current . Al usar link2sd te ha modificado el archivo para poner la sd como ext2 (mmblck0p ext2) . Por eso no arranca, algun error tiene ese archivo.
La solucion ni idea.. te dejo aqui mi fs.current , antes de pegarlo en la ruta que te he dicho copia el tuyo y subelo para verlo. Tambien puedes arrancar el movil sin sd y meterla a continuacion de cargar.