Si te digo la verdad, nunca me he fijado si quedan restos o no de otras ROMs, no te sabría decir si este wipe es más puro que el otro, utilizo el fastboot si coincide que cambio de radio, si no tiro de recovery.
Si tiene su cierta lógica que el recovery desde donde hacemos wipe (bien vía recovery o bien vía .zip), utilice cierta cantidad de memoria como "virtual", y puede que ahí estén los residuos, o incluso que haya alguno en uso y no deje borrarlo. Sin embargo el otro trabaja desde el Bootloader que está en otra partición totalmente distinta.
De todas maneras, esto es una cábala mía, no tiene ningún fundamento, probablemente esté muy equivocado.