Te iba a contar mis dudas también, pero lo ves mejor aquí:
http://www.htcmania.com/showthread.php?t=297204
Yo creo que lo mejor para dejarlo LIMPIO, LIMPIO, LIMPIO es flashear una RUU oficial, y rootear de nuevo... que ahora es sencillísimo!
Pero que la RUU no sea la última (Android 2.3.5 Sense 3.5) porque no es rooteable, por ahora.
Salud!