Mira a mi me paso lo mismo al pasar ala JVZ vi que me daba 100% de carga pero al quitar el cargador me daba solo 96% asi que entre al recovery y le di en wipe battery stats, reinicie y volvi a colocar el cargador, siguio cargando asta llegar a 97% y me volvio a dar el mensaje de bateria al 100% asi que volvi a repetir el proceso, entre a recovery y le di a wipe battery stats, ahora me indicaba que tiene el 100% de carga al 99%, asi lo deje unos minutos para ser exactos como 6m mas retire el cargador y vi que quedaba con el 100% de carga, asi que volvi al recovery hice wipe battery stats y reincie. Asi fue como ahora me indica bateria 100% cargada cuando realmente esta en 100%.
Asi resolvi mi problema espero te ayude en algo.