Pues vaya. En honeycomb tambien pasa. Pensaba que lo habrían arreglado. Supongo que te refieres a los marcadores.
Yo lo conseguí arreglar eliminando algunos que podían ser problemáticos, pero luego volvió a fallar. Está reportado desde hace mucho en los foros oficiales de google. No me explico que no lo solucionen. Otras aplicaciones (chromemarks) sincronizan perfectamente los marcadores sin problemas por muchas carpetas e historias que tengas.
La única explicación que le doy es que tengan el desarrollo de este browser 'totalmente' parado para desarrollar el chrome para telefonos/notebooks. Algo se oyó hace poco sobre eso.