Los WhatsApp no dependen de la tarjeta. Si el terminal donde está funcionando WhatsApp (sea o no clonado) tiene internet, te van a llegar aunque tengas la tarjeta quitada del teléfono.
Si tienes las dos cuentas de WhatsApp en el mismo terminal, para que no te funcione debes estar sin internet para TODO el teléfono.
Como experiencia personal te digo. Yo tenía dos cuentas con mis dos números, las dos en el mismo terminal, y empecé a usar una de ellas para "trabajar". Cuando se volvió una pesadilla el no poder desconectar nunca de la línea "de trabajo" no me quedó otra que separar las líneas en dos terminales diferentes
Un saludo