no se si tendrá algo que ver, pero normalmente recomiendan hacer las particiones en el orden inverso, por lo que supongo que podría ser que algún script se haga un lío si las pones al revés ...
la primera partición de la SD normalmente es la FAT, la segunda la EXT, y por último opcionalmente la SWAP. En el último caso si que he leído en varios sitios q la swap sólo funciona si es la 3ª
