Solucionado. El problema es que el tono hay que meterlo en la siguiente carpeta (o crear todas las carpetas como yo he hecho):
sdcard/media/audio/notications
Esto sirve para los sms, gmail, whatsapp.
Para el tono de llamada hay que crear la carpeta ringtones:
scard/media/audio/ringtones
Yo he actualizado a Gingerbread y por eso he tenido que crear todas las carpetas. Espero que le sirva de ayuda a alguien. Salud.