Para instalar la RUU lo puedes hacer desde windows sí es un .exe siguiendo los pasos que dice el programa, no es necesario hacer nada más si ya tienes hecho todo lo que has dicho antes.
Recuerda que después de instalar la rom oficial habrás perdido el root y el ENG-HBOOT si lo tenías hecho, te aconsejo que te asegures de tener éste último para no tener problemas si la rom que metas no es compatible.
Si es un .zip lo haces como cualquier custom rom.
Enviado por paloma mensajera, y esperando su regreso.