No se que decirte....
Yo también he instalado, desinstalado y probado muchas aplicaciones desde Market y desde la SDcard. Y nunca he visto reducirse la memoria significativamente o de la forma que cuentas, antes de pasar las aplicaciones en la SDcard tenia 50 programas instalados que utilizaba frecuentemente y la memoria fluctuaba entre 20-30 MB.
Hay dos programas que chupa memoria ya que salvar los datos en la memoria interna y no en la SDcard como son el Browser y StreetView de Maps. En el Settings del propio Browser puedes limpiar la cache, cookies, datos, historial, etc...
Creo que en tu caso es algún programa que guarda los datos en la memoria interna, tu sabrás cuales usas.