Es que esa esa la forma de hacerlo, si configuras sólo una y encima mueves poco el dedo cuando te va pidiendo que cambies de posición o pones el dedo en una posición que normalmente no vas a usar, lo normal es que tengas problemas después, sin embargo si configuras todos los dedos que vas a usar (eso depende del uso que le da cada cual) y cuando las estás configurando mueves el dedo los suficiente como para que capte toda tu huella y especialmente en la posición que lo vas a usar, lo normal es que se desbloquee a la primera independientemente de como se encuentre el dispositivo.
Yo personalmente tengo configurados siempre de la mano izquierda el índice , el medio y el pulgar y de la mano derecha el medio y el pulgar, y cuando los configuro lo hago en la posición que voy a coger el terminal, y como digo, no me falla nunca ni he tenido que reconfigurar las huellas