Yo hasta ahora no he tenido problema. Tengo desde siempre la tarjeta puesta en Google Checkout (más que nada, porque mi primer android, el Nexus One lo compré en la peich de google mediante checkout, por enero de 2010). He tenido casi todas mis apps de pago piratas, y hace algunos meses empecé a legalizar las que realmente me siguen siendo útiles/entretenidas. Por el momento cero problemas, sigo teniendo algunos juegos piratas, y varias apps compradas. Coexisten sin mayor historia.
Que yo sepa puedes quitar la tarjeta de crédito que tienes puesta, pero no sé si luego la podrías volver a añadir.