Pues yo en estos casos siempre digo lo mismo. Backup de las apps que interesen y formateo de ambas sd y flasheo completo.
Android es un sistema muy abierto y modificable pero la pega que tiene es que con mucho uso se le "queda pegada mucha mierda" y hay que andar flaheando para dejarlo limpio (lo mismo que pasa con los pc y windows)