Según el dispositivo el root tiene más o menos ventajas. En mi casa hay varios dispositivos con Android y el Transformer es el único que no está rooteado. El motivo es porque no lo he visto necesario para el uso que yo le doy.
Básicamente el root es la llave para poder meterle roms cocinadas, pero con el ritmo de actualizaciones de Asus esta ventaja no la veo tan grande para la gran mayoría de los usuarios y además los root y las roms no oficiales llevan algunos posibles problemas asociados que conviene conocer.