En realidad lo que te he escrito es para pasar las pelis que vengan ya en 3D a un formato más adecuado o que se pueda reproducir en el Evo 3D.
Para el punto 1, con ffmpeg puedes crear una peli 3D, a partir de un video 2D:
For example a 3D WebM clip can be created using the following command line:
ffmpeg -i sample_left_right_clip.mpg -an -vcodec libvpx -metadata stereo_mode=left_right -y stereo_clip.webm
Esto es para crear un video .webm que android reproduce nativamente, aunque yo nunca lo he probado. Cambiando ligeramente el comando lo puedes usar para .mp4
Aun asi, no estoy muy seguro de que este comando funcione
Suerte!