¿Has probado en Ajustes/Herramientas Reparar y Formatear/Delete device configuration and...? eso borrará las aplicaciones y las configuraciones de usuario incluidas las cuentas de google, pero no perderas el rooteo porque lo hace a traves del SDE y eso no se borra, y tampoco borrará los archivos de Storage ni SDcard. Si eso no funciona, la unica solución será formatear