1- Si no me equivoco, la diferencia está en que con el sistema nativo de froyo sólo pasas una parte de la aplicación (y eso en las que pueden pasarse, que no son todas ni mucho menos) y de la otra forma pasas la aplicación completa (incluso las que froyo no deja), a parte de la dalvik caché y demás. Por ejemplo, mi desire a pesar de poder usar el sistema nativo de froyo se queda sin memoria en nada. Solución = partición ext4 y todo a la sd.
En la HD2 imagino que será igual.
2- Froyo mueve a la fat32 (a una carpeta rara creo recordar, pero a la fat32). Con un sistema "alternativo" (sd2ext, appsd...) al instalar la aplicación, automáticamente se instala en la ext3, ya que reconoce la ext como si fuera la propia nand de serie del teléfono. Al conectar la tarjeta al pc, windows no muestra la ext3, por lo que parece que no existe, pero al ir a ajustes de almacenamiento en el teléfono debería poner que la memoria interna es del giga de la partición...
Espero que sea lo que buscabas.