Puede que parezca una tontería, pero te comento porque a mi me pasó:
Cuando me hice root la ultima vez, se me olvidó marcar la depuración usb y al pinchar en root se me quedaba congelado como a te pasa a ti ahora.. me di cuenta, lo corregí y me seguía pasando lo mismo.
Lo hacía bien pero salia mal.
Hasta que no reinicié el móvil, quitandole la batería unos 10 segundos, no funciono.
Prueba a reiniciarlo todo, a ver si hay suerte.