¿Cómo quieres que registre las llamadas perdidas si el módulo GSM/3G no está funcionando? Como mucho podrás recibir un SMS de que has tenido una llamada perdida, y eso depende de tu operador no del móvil.
El bug que comentas efectivamente existe, pero no es que se pierdan con el GSM/3G apagado, es que se pierden con el módulo GSM/3G encendido, que es muy distinto. Aunque a mi por ejemplo en mi móvil no me pasa.