No te preocupes, porque creo que eso le pasa a casi todo el mundo; tras cargarla está al 100% y en el momento en el que quitas el cable, pasa al 99%. Pese a eso, la batería tiene el mismo nivel de carga en mah. El problema debe de venir del gingerbread y del tema de medir la batería en 1% (originalmente medía en 10%) y lo he visto también en más móviles y creo que con otras ROMS (miui).
Me imagino que será porque la calibración se hace con el cable del cargador conectado, recibiendo la batería un poco de voltaje, y por eso en el momento en el que deja de recibir ese voltaje, muestra el 99% (digo yo...). No le daría muchas vueltas, ya que la batería se carga completamente.