Si siguen aumentando el ritmo de salida de cada versión de Android, la realización de custom roms se va a ver mermada de forma bastante significativa. No desaparecerá pero se necesitarán más recursos para realizar la en un corto espacio de tiempo antes de que quede desfasada.
Personalmente siempre busco dispositivos donde el acceso root no sea un quebradero de cabeza y que sea funcional. Ahora mismo con Google tocando las pelotas con el safetynet el root ya no supone una ventaja tan grande como hace unos meses.
Y por último. Veo que es algo que se repite con frecuencia y que no es cierto. En Europa el acceso root no invalida la garantía del fabricante, en ningún caso. Si el fabricante se niega a reparar un dispositivo routeado, por una avería que no viene por brick, está cometiendo una infracción que debe ser notificada a las autoridades pertinentes.