En principio el AppToDate solo avisa de nuevas actualizaciones. El proceso posterior de descarga de la actualización e instalación es independiente... por lo tanto si algo no va bien no es culpa de este programa... lo que si he observado es que el programa no siempre avisa correctamente de la existencia de una nueva actualización y el problemas creo que es mas de los programas que no hacen buen uso de este sistema que del propio programa en si. En cualquier caso el programa no es demasiado fiable asi que yo personalmente no lo uso (aunque lo tengo instalado).
Saludos