Ajustes - Gestión de aplicaciones - Lista de aplicaciones - (seleccionas la app) - Ahorrador de batería - Seleccionar 'Ejecutar en segundo plano'.
De todas maneras yo, el whatsapp lo tengo puesto como ejecución inteligente y me lo hace perfecto sin haber tocado nada. Hay alguna que sí que le tengo que forzar que funcione en segundo plano (como el Notify Buddy, led de notificaciones), pero por lo general ya lo hace bien.