Entiendo que te refieres a la opción de backup que esta dentro de ajustes/mi dispositivo.
Al hacer una copia local con esta aplicación te la guarda en la memoria del dispositivo, concretamente dentro de la carpeta MIUI/backup. Deberías haber copiado esa carpeta antes de flashear el movil. Para restaurarlo solo habrías necesitado copiar de nuevo la carpeta al movil.