que particion quieres formatear?, alguna ext2/3/4?
si es asi, esas particiones no se pueden formatear con programas de windows como ese sd formater... ocupas otro programa especial que se ejecuta desde un cd de linux si lo quieres hacer desde una pc o formatear desde el cwm desde tu movil
lee completa y detenidamente la nandroipedia, especialmente el post 5
http://www.htcmania.com/showthread.php?t=166537
tambien por ahi hay un post de alguien que puso un manual muy detallado de como formatear la particion ext