En cuanto a seguridad Lineage al llevar los últimos parches de seguridad pues mas seguro que la Rom stock es sin duda y al ser de código abierto dudo mucho que te vayan a robar nada, puesto que si instalaran algún sistema de recolección de datos serían pillados fácilmente, aunque nunca se sabe.
Como es lógico nada en esta vida es seguro al 100% así que si te raya mucho el tema de la seguridad y la privacidad lo mejor es que no uses este teléfono.
Si te quedas en la ROM stock entre lo antiguo que es su último parche, y la política de Samsung que es cuanto menos dudosa y la de Google de la que ya mejor ni hablamos pues probablemente acabarán sabiendo hasta cuando vas al baño, sin embargo si instalas Lineage tendrás mas seguridad que con la stock pero al ser una ROM cocinada obviamente nunca será tan segura como una oficial actualizada.
Por otro lado en cuanto a lo de la app Bancaria creo que no debería haber problemas para instalarla aunque yo de ti no lo haría puesto que como has dicho la Rom viene rooteada y como te comentaba antes nunca será tan segura como una stock actualizada.
Yo mas bien recomiendo Lineage para segundos teléfonos, yo por ejemplo en mi caso tengo un Aquaris X como primer teléfono con su Rom Stock actualizada en el que tengo las aplicaciones más vulnerables (como la del banco) y este lo tengo más para entretenimiento como escuchar música, ver vídeos y tal.