Las aplicaciones no se pierden, pero si el Rott y el CWM.
Yo lo que si que hago, para que no haya problemas es luego hacer un wipe o sea, nada más instalar la rom irme a privacidad y reiniciar con valores de fábrica, entonces sí que se perderá todo lo que tienes instalado, pero no se, viendo la gente que dice que tiene problemas lo mejor es borrar todo después de instalar la nueva ROM por que llevo todo el día con ella y no he tenido ningún problema que se comenta.
