Copia de seguridad de la microSD al PC, formatear y restaurar copia.
Yo copio y pego, y nunca he tenido ningún problema. Hay carpetas de sistema (las que empiezan por un punto) que nunca las he copiado/pegado, el sistema mismo se encarga de crearlas de nuevo.
Por si acaso copiarlo todo y volver a pegarlo.
Luego hay otro asunto con los medios de almacenamiento del que casi nadie habla, y es la fragmentación de archivos. Cuantos más se muevan archivos, más se fragmentan y al sistema le cuesta más moverse entre ellos. Yo cada vez que cambio de ROM formateo la SD o la desfragmento, de vez en cuando conviene hacer alguna de ellas.
Salud!