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no entiendo muy bien tu pregunta, pero si lo que queires hacer es un backup configura la htc como dispositivo usb y reemplaza las carpetas actualizadas como si se tratara de copiarlas en un pendrive. Amén de mi ignorancia hasta donde sé no hya alguna aplicación que te permita dar un repaso a los archivos de todas las carpetas y de acuerdo a la fecha de la última modficación actualizar (lo que también veo muy arriesgado en caso de editar por accidente un documento que no es el que queramos que prevalezca.
Ampliamanete te recomeindo organizes carpetas y en caso que tu HTC te lo permita tener todos esos archivos en la memoria flash.
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