Yo prefiero el método manual después de instalar, digamos que vas a cerrarlo con miflash y algo no quedo bien, lo cierras causando un daño y que quedes reinicio constante etc. (sin poder hacer nada ya que esta cerrado y no puedes abrir otra vez)
Prefiero mejor asegurarme que todo este bien instalado y ya cerrar manualmente pienso que es mas seguro.
Cuestión de percepción supongo o por lo menos a mi me parece mas seguro.