Solucionado, si obtenemos la segunda id no uséis phone clone, meted las aplicaciones una a una, yo lo he hecho esta mañana y sin pegas.
Respecto a Whatsapp tampoco ninguna pega, obviamente debéis de tener instalado Drive que es lo que usa Whatsapp para hacer la copia de seguridad.
Un saludo y gracias a tod@s.