Bajate una aplicacion que se llama App Backup & Restore.La abres y te dice todas las que tienes instaladas...Seleccionas todas las que quieres guardar y le das abajo a Backup Selected Apps...Arriba en la aplicacion tienes otra pestaña donde dice Archived,cuando acabe de guardarlas deben de salirte todas las aplicaciones ahi,en Archived.Flasheas instalas todo,etc etc...te vuelves a bajar la aplicacion y vas a archived y vas seleccionando de 6 en 6 o asi las aplicaciones y le vas dando a Restore Selected Apps.
Y respecto a la pregunta de como las puedes guardar en el ordenador...puedes guardarlas con esta aplicacion que te digo...una vez le des a guardarlas te crea una carpeta en la SD llamada App_Backup_Restore y ahi tienes todas las aplicaciones en formato .apk.Enchufas el movil al ordenador y pasas la carpeta completa y listo!
Espero que te haya servido de ayuda,y suerte con el flasheo