Claro, no hay problema.
Te comento mi caso.
Era un SGS2 con la rom oficial de Movistar. Me he bajado el tar.md5 de la rom oficial de Samsung.
He pasado el tar.md5 a una sd externa en el ordenador, porque el usb del móvil no funciona bien, y la he puesto en el móvil.
He iniciado el móvil y abierto el programa y me ha dicho que faltaba algo pero el programa me ha indicado que era y me ha dirigido al market (era gratis, también del mismo autor).
Una vez abierto vas a la opción "Open file" y eliges el tar.md5 en cuestión (para un kernel .tar es igual).
El programa carga todas lar particiones, no he tocado nada más. he bajado abajo del todo y donde pone Flash le he dado a Start.
Me he saltado el chequeo y le he dicho que OK a que el riesgo era mío.
Luego todo el proceso ha ido solo, entrando en recovery y demás.
Resultado: Rom cambiada.
Espero que sirva de ayuda. Si no queda claro lo intento describir mejor, que ando con prisa y me tengo que ir ya, luego lo reviso.