Según tengo entendido hay aplicaciones que para su uso correcto deben de tener ciertos archivos en la memoria interna (whatsapp, swiftwkey X, etc).
Lo que sí debes notar (si está todo bien configurado) es que tengas la memoria interna mucho más vacía que antes.
Este link te lo deja más claro:
http://www.htcmania.com/showthread.php?t=220409