Es el mismo archivo lo que ves en las dos aplicaciones asi que si la borras se borra de los dos sitios.
Lo que puedes hacer es ocultar el album de WhatsApp en la galería pero asi dejas de ver todas las fotos del WhatsApp en la galería de fotos.
Si lo que quieres es ocultar una foto solo y no en WhatsApp no se puede que yo sepa.
Yo lo que hago es que las fotos que no quiero que se vean las muevo a una carpeta que tengo oculta en la galería. Eso si, ya no se ven tampoco en el WhatsApp.