Para ese tipo de funcionalidades usa el Titanium Backup, realiza copias de seguridad de todas tus aplicaciones. Al cambiar de rom, reinstala únicamente las aplicaciones que te hayas instalado tu, nunca las que traia el sistema de serie o las de la rom anterior, podría darte problemas.
Si lo que quieres es tener una copia de seguridad de la tarjeta SD, sin cambiar de rom, el sistema que propones si que es válido, pero sólo hasta el momento en que has realizado la copia, no con las aplicaciones que hayas instalado posteriormente. Hay aplicaciones que se instalan, según hayan sido desarrolladas, en la memoria interna o la externa o en ambas.