Creo que he encontrado el problema (en un rato sabré si está solventado)
Hay que flashear la partición persist.img de nuevo, pero hay que desbloquear bootloader, he usado un twrp especial para ello etc...
Lo que no entiendo es si esa partición está dentro de la rom global fastboot, porque no la flashea cuando haces un flash-all?
Nunca entenderé las recuperaciones de fábrica de Android que no flashean absolutamente todo.