A mi me pasaba algo similar: sonaba cualquier sonido (notificación, música, llamada...) perfectamente, pero al cabo de un par de segundos de haber acabado el sonido hacía una especie de "click".
Pero a mi solo me pasa al finalizar un sonido, no lo hace de forma sistemática. Es decir, si no suena nada no tengo el ruido famoso. Me lo hizo con la 6.1.4 y la 6.1.5, pero no con la 6.1.3.
Has probado a reflashear la ROM o simplemente reiniciar el móvil?
Salud!