Hola,
Una vez lo tienes instalado, si pruebas cualquiera de las Roms oficiales, volverás a tener el recovery stock. Las Roms de Xiaomi.eu no incluyen la instalación de ningún recovery, por lo que conservas el que tengas.
Cuando tengas instalado el TWRP, antes de reiniciar en la rom, reinicia en recovery otra vez, para ver si te lo mantiene.
Saludos.