Hola, eso es debido a que cuando instalas un launcher tienes 2: Htc Sense y "el que hayas puesto". La primera vez que pulsas HOME se sale un recuadro que te pide que selecciones el home y si seleccionas la casilla te lo pone por defecto.
Seguramente la primera vez que te salió le diste a HTC Sense y por defecto y ahora cada vez que pulsas home te sale del launcher que has instalado.
Para arreglarlo, busca en Ajuste->Aplicaciones->Administrar apps->todas-> htc sense abajo un boton que pone "Borrar valores predeterminados". Al pulsar Home la siguiente vez te debería aparecer la ventanita que te he dicho antes y tendrías que seleccionar el launcher que has instalado y tikar predeterminado.
Sino, creo que hay una app que sirve para cambiar el launcher..creo que se llama HOME switcher. Seguramente habrá más de este tipo.